La principal característica de la región es su discontinuidad territorial. Se la puede dividir en 3 zonas: las islas de la Patagonia Chilena, muy numerosas y de recortado perfil; la Cordillera Andina, llamada también Patagónica - cuya cumbre más alta es el monte Fitz Roy-, y la Isla de Tierra del Fuego, compartida con Argentina.

La Región de Magallanes y Antártica Chilena es la más austral y extensa del territorio chileno. Se extiende entre 48º39’ de latitud sur y el Polo Sur. Su superficie es de 1.382.297 km2, comprendidos por 132.297 km2 para la parte americana y 1.250.000 km2 para el Territorio Chileno Antártico.

Existen 5 climas preponderantes en la región: templado frío con gran humedad, estepárico frío, de hielo perpetuo, de tundra y clima polar.

Punta Arenas registra una temperatura promedio de 6,8º C y un promedio de 428,46 milímetros (mm) de agua caída al año.

La región tiene una morfología litoral esparcida en golfos, canales, estuarios y fiordos, debido a una tectónica de hundimiento a escala geológica. La zona se identifica con los Andes Patagónicos, distinguiendo entre Andes propiamente tal, el área de archipiélagos y las pampas magallánicas.

Las características del relieve y clima, con disminución notable de las precipitaciones en la vertiente oriental andina, no permiten la existencia de grandes sistemas hidrográficos; el principal es el río Serrano en el sector subandino oriental de Última Esperanza. En la Isla Grande de Tierra del Fuego, destaca El Grande, que desemboca en el Atlántico. Entre los lagos, por su extensión, cabe citar el Serrano, Del Toro, Balmaceda, Aníbal Pinto, Blanco y Fagnano. La presencia de hielo en el Territorio Chileno Antártico no permite la existencia de cursos superficiales de agua.

De acuerdo al “Catastro y Evaluación de Recursos Vegetacionales Nativos de Chile, Duodécima Región, año 1999”, confeccionado por la CONAF y Comisión Nacional de Medio Ambiente, la superficie regional alcanza a 13.196.449 hectáreas, distribuida en 4 Provincias, Última Esperanza con 5.629.144 ha, Magallanes con 3.808.131 ha, Tierra del Fuego con 2.219.193 y la Antártica Chilena con 1.539.981.

La división por tipos de suelo es la siguiente: 2.965 ha. de áreas urbanas e industriales, 66 ha. de terrenos agrícolas, 3.190.775 ha. de praderas y matorrales, 2.625.506 ha. de bosques, 3.105.137 ha. de humedales, 1.696.691ha. de áreas desprovistas de vegetación, 1.965.823 ha. de nieves y glaciares, 328.189 ha. de cuerpos de agua y 281.297 ha. pertenecen a áreas no reconocidas.

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